The Tutorials in this series are created using Jmol 12.2.2 Jmol v 14.32.80 on Ubuntu 12.04, Ubuntu Linux OS v 20.04. Jmol is an open-source Java viewer for chemical structures and biomolecules in 3D. It does not require 3D acceleration plugins. 3D models created by using Jmol may be used as a teaching tool or for research in chemistry and biochemistry. It is free and open source software, written in Java, it runs on Windows, Mac OS X, Linux and Unix systems. Read more
Foss : Jmol Application - Bengali
Outline: * ক্রিস্টালোগ্রাফি ওপেন ডেটাবেস থেকে CIF (Crystallographic Information File) ডাউনলোড করা * Jmol এ CIF ফাইল খোলা * প্যানেলে ইউনিট সেল এবং ইউনিট সেল প্যারামিটার দেখানো * বিভিন্ন ..
Outline: Protein Data Bank (PDB) থেকে প্রোটিনের কাঠামো লোড করা ডাটাবেস থেকে .pdb ফাইল ডাউনলোড করা PDB কোড ((4EX1)) ব্যবহার করে ইনসুলিনের 3D কাঠামো দেখা জলের অণু ছাড়া প্রোটিনের কাঠামো দে..
Outline: পিডিবি কোড ব্যবহার করে Hexokinase এর লোড স্ট্রাকচার সেকেন্ডারি স্ট্রাকচারের ডিসপ্লে পরিবর্তন করা সক্রিয় সাইটে অ্যামাইনো অ্যাসিডের রেসিডিউ লক্ষনীয় করা সাব্সট্রেট লক্ষনীয় করা কো..
Outline: 1. মিথেন অণুতে পরমাণুর মাধ্যমে লাইন আঁকা যা হল C2 এবং C3 রোটেশনাল অক্ষ 2. অক্ষ বরাবর অণু স্পিন এবং ঘোরানো 3. মিথেন অণুতে পরমাণুর মাধ্যমে প্রতিফলিত প্লেন আঁকা 4. allene এবং মিথেন..
Outline: স্ক্রিপ্ট কমান্ড ব্যবহার করে Jmol অ্যানিমেশন উদাহরণস্বরূপ ইথেন এবং হিমোগ্লোবিন ব্যবহার করে অ্যানিমেশন প্রদর্শন করা move, delay, slab, loop এবং capture কীওয়ার্ডের সাথে স্ক্র..
Foss : Jmol Application - English
Outline: Learn about Jmol Application Important uses of Jmol Official website to download Jmol Information regarding Installation on various operating systems Download, extract and r..
Outline: Brief description about Jmol Application. Software requirements. Prerequisites. Open the Jmol Application on Ubuntu/ Linux system. Explain program interface (Menu Bar, Tool b..
Outline: Substitute the hydrogen in molecular model with a functional group. Add and delete bonds Add and delete atoms Pop-up-menu (Contextual menu)
Outline: Rotate, zoom, move and spin the model Modify the view Change the style of the display. Change the size and color of atoms and bonds. Axes and bound box ..
Outline: Create a model of Carboxylic acid. Example, Acetic acid. Create a model of Nitroalkane. Example, Nitroetane. Label atoms in a model with symbol of the element. Label atoms in ..
Outline: About Script Commands. How to write Script commands. How to use Script console. Change display of propane by using script commands. Change the color of atoms and bonds. Change..
Outline: Create models of alicyclic molecules. Example: Cyclohexane. Create models of aromatic molecules. Example: Benzene. Display Surface topology of molecules. Example: Molecular surfa..
Outline: Load chemical structures from chemical structure database (PubChem). Load structure of Phenol and convert it to Para-amino Phenol. Load structure of cholesterol and highlight the..
Outline: * Download CIF (Crystallographic Information File) from Crystallography Open Database (COD). * Open CIF files in Jmol. * Display unit cell and unit cell parameters on Jmol..
Outline: About conformations of 1,2-dichloroethane. Create a model of anti conformer of 1,2-dichloroethane on the Jmol panel. Add elements of your choice in the modelkit menu. Minimize e..
Outline: Load a model of Lactic acid from the database. Assign the R/S configuration using Cahn-Ingold-Prelog priority rules. Append the model of R-Lactic acid using script command. Sepa..
Outline: Load structures of proteins from Protein Data Bank (PDB). Download .pdb files from the database. View the 3D struct..
Outline: Load structure of Hexokinase using PDB code. Modify the display of secondary structure. Highlight amino acid residues at the active site. Highlight the substrate. Highlight the..
Outline: 1. Draw lines (C2 and C3 rotational axes) through atoms in methane molecule. 2. Spin and rotate the molecule along the axis. 3. Draw reflection plane through atoms in methane mo..
Outline: Jmol animation using script commands. Demonstration of animation using ethane and hemoglobin as examples. Script commands with keywords, move, delay, slab, loop and c..