Enable to parse the files.Error in the following command: for seq_record in SeqIO.parse("sequence.fasta","fasta"): ...: print(seq_record.id)
The parse files doesn't open even if the file name is same and saved in dekstop,documents and python program files.
In the first 2 videos of biopython I didn't face any error. But in the 3rd video of parsing data the commands are not working and showing error. Could you please help me to resolve this problem? Thank you
In [2]: from Bio import SeqIOIn [3]: for seq_record in SeqIO.parse("sequence.fasta", "fasta"): ...: print(seq_record.id)------------------------------------------------------------IndentationError: expected an indented block (<ipython console>, line 2)In [4]:
error in the following command: print(seq_record.id)
How to open text file in windows os? instead of text editor shall i use loadtxt command
227 visits
Outline:આઉટલાઈન: NCBI ડેટાબેઝ વેબસાઈટ પરથી FASTA અને GenBank ફાઈલો ડાઉનલોડ કરો. ફંકશન્સ in Bio.SeqIO મોડ્યૂલ માં ફંકશન્સ નો ઉપયોગ કરીને ડેટા ફાઈલ પાર્સ કરવું. માહિતી એક્સટ્રેક્ટ કરવામાટે પાર્સ ફંકશન (Bio.SeqIO. Parse()) નો ઉપયોગ જેમકે sequence id's, ફાઈલમાં સમાવિષ્ટ સિકવેન્સ અને તેની લંબાઈ . કન્ટેન્ટ વાંચવા માટે રીડ ફંકશન (Bio.SeqIO.read()) નો ઉપયોગ કરો.
આઉટલાઈન: NCBI ડેટાબેઝ વેબસાઈટ પરથી FASTA અને GenBank ફાઈલો ડાઉનલોડ કરો. ફંકશન્સ in Bio.SeqIO મોડ્યૂલ માં ફંકશન્સ નો ઉપયોગ કરીને ડેટા ફાઈલ પાર્સ કરવું. માહિતી એક્સટ્રેક્ટ કરવામાટે પાર્સ ફંકશન (Bio.SeqIO. Parse()) નો ઉપયોગ જેમકે sequence id's, ફાઈલમાં સમાવિષ્ટ સિકવેન્સ અને તેની લંબાઈ . કન્ટેન્ટ વાંચવા માટે રીડ ફંકશન (Bio.SeqIO.read()) નો ઉપયોગ કરો.
Show video info
Pre-requisite